パーキンソン病で指定難病は未申請。訪問看護は医療保険？介護保険？

はい、医療保険での介入ですね。
指定難病認定の有無は保険には関係がありません。

厚生労働大臣の定める疾病等(別表7)に含まれるかどうかが、訪問看護の介護保険・医療保険の判断に入ってきます。
パーキンソン病のヤール度Ⅲは、別表7に含まれるので、医療保険という形になります。

そうですね。指定難病の申請は、金銭的がメリットはかなり大きいです。

指定難病の申請を受けることで、病院にかかる費用、お薬にかかる費用、訪問看護にかかる費用...などなど、医療に関連するものは公費で補助されます。その人の収入によって変わりますが、月の医療費の上限が5,000~30,000円になるので、とても助かると思います。

また、医療費が3割負担の方は、2割に軽減もされますので、指定難病の申請を出しておくことをオススメします。

あとは、指定難病の認定を受けれたとすると、申請日に遡って適応されます。
ですので、利用料の請求をストップしておくと利用者さんの一時的な金銭負担が軽減されますし、後の処理も楽になりますよ（ここはキャッシュフローという概念もあるので、普通に請求していても良いと思います）。

そうですね。

申請したほうが良いと言いつつ、念のため補足ですが...「病気の認定は受けたくない」という気持ちの人が稀にいらっしゃいます。
すでに指定難病を受けるように打診され、拒否したため未申請の状態という可能性も、頭の片隅に入れておくと良いと思います。

ちなみにですが、本人さん、ご家族さん、ケアマネさんがよく申請をしているイメージです。
ですが、委任状をもらって訪看のスタッフが実施することもできなくはないです。
あまり動きがないようであれば、ご利用者様の負担を考えてこちらで申請してみるのも一案ですね。
(イルカは実施したことがありますよ)