被爆手帳を持つ多系統萎縮症の方、介入は何保険？

はい。
多系統萎縮症の方の訪問看護は医療保険で大丈夫です。

被爆手帳をお持ちだからといって、介護保険・医療保険が決まるわけではありません。
疾患名が多系統萎縮症であれば、医療保険での介入になります。

ちなみに、別表7と呼ばれる厚生労働大臣が定める疾病の方は医療保険になりますが、指示書にその病名が記載されていることが必要なので、その点は注意が必要ですね。

そうですね...
・指示書の記載漏れ
・その疾患とは別の理由で訪問看護が必要
のどちらかですかね。

指示書の記載漏れであれば、クリニック（病院）に電話し、その旨を伝えれば訂正してくれます。
別の理由で訪看が必要ということであれば、その指示書に従えば大丈夫です。

あとは、主治医が「主疾患はどちらでも良い」と思っているケースもありますね。

まずこのケースでいえば、被爆者手帳をお持ちです。
ですので、介護保険でも医療保険でも無料になりますね。

そして...このケース以外で通常の方であれば、多系統萎縮症と記載してもらうほうが、介入頻度や料金（公費負担）においてメリットがあることが多いですね。
指示書に記載がなかったとしても、主治医に「利用者さんの負担が減る」ということを伝えることで、主疾患の病名が変わるケースはよくあるので、相談するのが良いですよ。